申请欧盟商标的流程分为提交商标申请、商标审查、公开申请以及异议、注册及公开。
申请人向欧盟知识产权局申请分为在线申请和纸质申请，欧盟知识产权局在收到申请后，将进行审查，发现存在问题的商标申请文件通知申请人在2个月内补正。未在规定时间内进行补正的，视为放弃该商标申请;经过欧盟知识产权局审查不存在问题的商标文件，注册申请将被公开在欧盟商标公报上。
在商标公告期内，任何人认为申请注册的商标损害其在先权利的，可以在申请公开1个月后的3个月内提出异议，欧盟知识产权局将组织双方程序并将最终做出决定。不服欧盟知识产权局最终决定的，可以按照上段步骤进行上诉。任何人认为申请注册的商标不符合商标注册条件的，可以向欧盟知识产权局提出意见，提出意见不用付费，欧盟知识产权局将告知申请人，并予以考虑。
如果在规定时间内无人提出异议或意见或，或者异议或意见不成立的，欧盟知识产权局将进行注册、在欧盟商标公报上公开并发给电子注册证，商标注册完成。