（1）保护范围不同
马德里商标保护的范围以申请人指定的国家为准。申请人可以指定1个国家，也可以指定全部成员国。但是，每指定一个国家，就要承担相应的费用。
欧盟商标是无论你在27个成员国之中的哪一个国家注册商标，你的商标都将受到这27个国家的保护。
（2）申请人资格限制不同
马德里商标的申请人必须是成员国的企业、个人或其他组织，且必须以原属国已申请或注册商标为基础商标，向世界知识产权组织（WIPO）提起申请。
也就是说你必须在国内先注册好商标，然后才能申请马德里商标。欧盟商标则没有限制，任何人都可以提交申请。
（3）本质不同
马德里商标受保护的国家或地区要相对多一些，一份申请可以指定全部成员国，且申请费用相对于单一国家低一些，在全球使用范围非常广泛，我们所说的“国际商标”指的就是马德里商标。
欧盟注册商标的保护范围仅限于欧盟28国家，但申请流程较为简便且时间相对较短。
（4）注册时长不同
欧盟商标：平均8个月就可以完成注册，近期商标注册时间已缩短到五个月。
马德里商标：申请商标的注册时长取决于各国不同立法规定，多数国家所需时间可达18个月之久。
马德里注册商标受保护地域范围广，一份申请可以指定全部成员国，申请费用相对于单一国家申请较低，因此在全球使用范围非常广泛，以至于通常所说的“国际商标”，就是指马德里商标。
欧盟注册商标的保护范围仅限于欧盟28国境内，而且有可能缩减为27国，但相对而言，申请流程较为简单方便，所需时间较短，申请商标可以很快获得核准注册保护，且救济途径统一，有利于商标权利保护。