1)马德里注册需要申请基础，欧盟注册不需要;
2)在时间方面，顺利的情况下，通过马德里指定欧盟注册比直接通过欧盟申请注册完成所需的时间长。通过马德里指定欧盟的申请是经我国国家商标局提交至国际局，再由国际局递交给欧盟内部市场协调局，最后才由内部市场协调局分发给欧盟成员国审查;欧盟申请则是直接将申请提交至欧盟市场协调局，然后分发给各个欧盟成员国审查，马德里注册一般是在各成员国收到申请后12～18个月内审查完毕，欧盟注册一般也是12～18月就可以完成。由于马德里注册指定欧盟的申请前期需要经过层层转交才能到达各欧盟成员国，所以总时间上有半年左右的差距。
3)在注册证书方面，通过马德里指定欧盟注册成功后，国际局不会颁发相应的注册证书;而通过欧盟直接注册完成后欧盟内部市场协调局将核发注册证作为商标的权利凭证。
4)在费用方面，通过马德里指定欧盟的费用要比直接通过欧盟申请的费用低。
5)就申请程序而言，马德里注册指定欧盟的申请前期需要经过层层转交才能到达各欧盟成员国。