祖传秘方本身是可以申请专利并且获得专利权的，但是我不建议您申请专利。
专利是以公开技术内容换取法律保护的，您在申请专利的过程中要公开配方、用量、制备方法、使用方法、有效量等等内容，使您无秘可保。
专利申请并不复杂，而且如果有专业人士帮忙，也比较容易授权，只是会使秘方丧失保密性。
合法经营主要是通过进行药品注册，但只能以法人名义，而且费用极高，可能还需要临床试验。目前药品转让环境不是很理想，我知道有一些已经拿到临床批文并且获得专利的药物都很难转让成功，所以建议您还是再考虑一下。
你必须依托正规医疗机构（如果是农村，你们县医院就可以），组织药物临床试验，整理出正式试验结果，也就是效果观察报告。然后，这将构成你申请材料中最重要的证据。

中华人民共和国知识产权局，上面十分详细。别嫌麻烦，慢慢看。
http://www.sipo.gov.cn/sipo/zlsq/

申请专利的流程包括：
1）将专利申请文件（发明或实用新型文件包括权利要求书、说明书、说明书附图、摘要、摘要附图）、请求书、申请费（即，交给专利局的官费）提交到专利局。
2）官方的受理通知书会在申请日之后两周内下发，其中列出该专利申请的申请日和申请号，这些都作为未来专利局审查的唯一编号。3）专利局审查，最终合格后发出授权通知书，表明同意授权。
4）申请人进行授权登记后专利授权公告生效。
第三，申请实用新型的标准官费是500，如果符合个人费用减缓条件可减至75；授权登记时还需交纳205和授权当年的年费。如委托代理机构还需要额外的代理费。