办理商标使用许可备案的方式：首先，当事人提交备案表、合同副本、注册证复印件等材料，自签订之日起三个月内，向商标局提出申请。然后，商标局依法进行审查。最后，审查通过的，予以备案。
【法律依据】
《商标使用许可合同备案办法》第四条
商标使用许可合同自签订之日起三个月内，许可人应当将许可合同副本报送商标局备案。
第七条
申请商标使用许可合同备案，应当提交下列书件：
（一）商标使用许可合同备案表；
（二）商标使用许可合同副本；
（三）许可使用商标的注册证复印件。
第十二条
商标使用许可合同备案书件齐备，符合《商标法》及《商标法实施细则》有关规定的，商标局予以备案。
已备案的商标使用许可合同，由商标局向备案申请人发出备案通知书，并集中刊登在每月第2期《商标公告》上。