欧盟商标注册体系对其成员国商标注册体系没有任何影响（包括比、荷、卢商标体系）。企业可以自由选择申请单独成员国商标注册或欧盟商标注册，也可以二者都申请。大批现有的、已在成员国获得注册的商标仍然有效。是完全依赖欧盟商标的保护，还是同时获得成员国商标和欧盟商标的双重保护，则完全取决于商标申请人和所有人的战略需要。
但是，如果成员国的商标注册先于欧盟商标的注册，那么成员国商标享有在先权，反之亦然。成员国的工业产权局不会主动审查该在先权。只有在先权拥有人可以提出请求，即通过在欧盟商标公告之日起3个月内提交异议，或根据有关规定在欧盟商标注册后申请其无效。