专利代理只包括发明，实用新型与外观专利的申请，转让，复审等程序，您说的版权使用费属于著作权的保护范围，不属于专利代理，要是出现版权使用费的纠纷，属于民事纠纷，一般可以私下调解，可以找仲裁机构，可以找地方版权管理机关（也就是版权局）处理纠纷，最后实在不行的话就去有管辖权的法院起诉，除了极个别特殊规定，基本所有的纠纷法院都会受理。