新《商标法》规定了商标侵权纠纷自行协商解决的程序，其目的：
一是鉴于有些侵权行为仅仅侵犯了注册人的利益，并未给他人带来损害，注册人自行协商，可化解因此产生的争议。
二是可适当减少商标纠纷当事人为解决纠纷所投入的精力。
三是当事人通过协商减少商标案件数量，使执法部门更有效地利用好现有的执法资源。但应当注意，自行协商的商标侵权纠纷首先是未构成刑事犯罪行为的纠纷，对以假冒他人注册商标为主业且数额达到犯罪立案标准的行为人，必须追究刑事责任。
其次，自行协商解决的纠纷案件，其侵权行为一般情节比较轻微，后果不严重，可以免予行政处罚，即行政责任可予以免除。
第三，对侵权行为的查处主要目的是保护权利人的民事权益不受侵害，协商解决即意味着权利人自己已经认为未对本权利造成危害或者危害后果不严重，从而放弃了对侵权人追究民事责任的权利。
在执法实践中可按如下原则掌握：
1、除商标注册人投诉的案件外，一般情况下，工商机关查办的商标侵权案件，不主动要求当事人进行协商。如果当事人主动要求协商，可给其一定的期限自行协商，到期未提供已经协商解决的证据，则宜按照商标侵权案件进行行政处理。
2、工商机关接受商标权利人投诉的案件，应当视为权利人已经放弃协商或者已经协商不成了，立案工商部门不再主动进行当事人之间的协商和解工作。
3、就商标纠纷已经立案的工商机关，应涉案当事人请求，在未就该案件做出行政处理决定之前，涉案当事人又经协商同意和解的，若其和解未危害社会公共利益，工商机关可以应其书面请求做出撤案(销案)处理。